W roku 2004 Dyrektor Instytutu prof. dr hab. Czesława Rosik-Dulewska powołuje zespół, którego zadaniem jest stworzenie laboratorium, w którym będą wykonywane akredytowane badania dla potrzeb przedsiębiorców. W dniu 18.01.2007 roku Zarządzeniem Dyrektora Instytutu nr 2/2007 w sprawie dotyczącej powołania zespołu ds. akredytacji wdrażającego w Instytucie normę PN-EN ISO/IEC 17025:2005 oraz określenia zakresu jego obowiązków i kompetencji zostaje formalnie powołane Laboratorium badawcze IPIŚ PAN. Składało się ono z trzech pracowni: P1 Pracownia Emisji Zanieczyszczeń, P2 Pracownia Analiz Śladowych, P3 Pracownia Analiz Środowiskowych. Pierwszym kierownikiem Laboratorium był prof. dr hab. Rajmund Michalski. W roku 2007 Laboratorium złożyło wniosek do Polskiego Centrum Akredytacji w celu potwierdzenia kompetencji do przeprowadzenia badań. W dniu 10 października 2008 Laboratorium uzyskało certyfikat akredytacji Polskiego Centrum Akredytacji potwierdzajácej zakres akredytacji nr AB 950. Od 1 września 2008 kierownikiem Laboratorium był dr inż. Jerzy Szdzuj. W kolejnych latach Laboratorium sukcesywnie poszerzało zakres swoich badań. Zostało wyposażone w nowoczesną aparaturę badawczą taką jak m.in.: spektrometr ICP MS, Spektrometr EDXRF, chromatografy jonowe i gazowe.
W roku 2016 struktura laboratorium uległa zmianie i pracownie P2 i P3 zostały połączone w jedną pracownię P2 Pracownię Próbek Środowiskowych.
