Instytut Podstaw Inżynierii Środowiska Polskiej Akademii Nauk w Zabrzu jest najstarszą polską placówką naukową, prowadzącą w sposób kompleksowy badania podstawowe i stosowane z zakresu ochrony oraz inżynierii środowiska. Pracownicy Instytutu tworzyli podstawy inżynierii środowiska i w znacznej mierze przyczynili się do jej zdefiniowania na II Kongresie Nauki Polskiej w 1973 roku jako nowej dyscypliny wiedzy.
Placówka została powołana do życia w styczniu 1961 roku pod nazwą Zakład Badań Naukowych Górnośląskiego Okręgu Przemysłowego Polskiej Akademii Nauk (jej protoplastą był, działający od 1954 r., Komitet Naukowy PAN ds. Górnośląskiego Okręgu Przemysłowego). Jej założycielem i pierwszym dyrektorem był prof. dr Eugeniusz Zaczyński. W czerwcu 1970 r. przeprowadzono reorganizację placówki, zmieniając jej strukturę organizacyjną oraz nazwę na Zakład Ochrony Środowiska Regionów Przemysłowych PAN. Badania prowadzono w sześciu pracowniach: Fizykochemii Procesów Oczyszczania Gazów Odlotowych, Podstawowych Problemów Techniki Pyłowej, Podstaw Naukowych Ochrony Wód i Gospodarki Wodami, Zagospodarowania Terenów Poprzemysłowych, Badań Wpływu Uprzemysłowienia na Środowisko oraz Dokumentacji Naukowej i Technicznej z Biblioteką.
W 1972 rozpoczęto budowę nowej siedziby Instytutu:
W maju 1975 r. placówkę podniesiono do rangi Instytutu, nadając jej nazwę Instytut Podstaw Inżynierii Środowiska Polskiej Akademii Nauk.
Kolejnymi dyrektorami byli: prof. dr Jan Paluch (XI.1964-XI.1974), prof. dr hab. Stefan Jarzębski (XII.1974-XII.1983), doc. dr hab. inż. Jan Kapała (I.1984-X.2001). prof. dr hab. inż. Czesława Rosik-Dulewska (XI.2001-III.2012), dr inż. Franciszek Pistelok (IV.2012-III.2016), prof. dr hab. inż. Marianna Czaplicka (IV.2016-III.2024), (od IV 2024) dr hab. Piotr Czechowski.
W latach siedemdziesiątych Instytut koordynował kompleksowe programy dotyczące ochrony i kształtowania środowiska człowieka z zastosowaniami w GOP-ie i innych regionach przemysłowych, a w latach 1986-1990 - czteroletni Centralny Program Badań Podstawowych pt. Biochemiczne i fizyczne przemiany zanieczyszczeń i odpadów przemysłowych oraz ich interakcja ze środowiskiem.
Instytut Podstaw Inżynierii Środowiska PAN aktywnie uczestniczy w badaniach naukowych w ramach, realizowanych w Polsce od 1998 roku, programów ramowych UE, których celem jest finansowanie przez Komisję Europejską prac badawczych oraz prezentacji osiągniętych rezultatów na poziomie europejskim. Realizował dwa projekty w ramach 5 Ramowego Programu Badań i Rozwoju UE: Screening and Monitoring of anthropogenic pollution over Central Europe by using magnetic proxies (MAGPROX) (2000-2003) i Integrated Soil and Water Protection: Risk from Diffuse Pollution (SOWA) (2002-2004), w 6 Ramowym Programie UE - Safe Management of Mining Waste and Waste Facilities (2007-1008) oraz brał udział w projekcie UE E-Ten pt. Environmental Enterprise Service Provider (2005-2006).
