Zakład pod obecną nazwą istnieje od 2007 roku. Jego protoplastą była Pracownia Badań Wpływu Uprzemysłowienia na Środowisko (1961-1978). W roku 1978, w wyniku reorganizacji Instytutu Pracownia przekształcona została w Zakład Badań Wpływu Zanieczyszczeń na Rośliny funkcjonujący do 1990 roku. Nazwa Zakładu jeszcze kilkukrotnie ulegała zmianie: w roku 1991 - na Zakład Skażeń Środowiska, zaś w roku 2002 - na Zakład Ochrony Powierzchni Ziemi.
Obecnie Zakład liczy 8 osób. W ostatnich latach 2 osoby uzyskały tytuł profesora, 2 - stopień doktora habilitowanego i 2 – stopień doktora.
W 60-letniej historii Instytutu Zakładem kierowali: prof. dr hab. S. Godzik, dr St. Karweta i prof. dr hab. inż. Cz. Rosik–Dulewska.
