Utworzony w 1987 roku jako pierwszy i jedyny dotąd w Polsce zakład naukowy, który jest krajowym liderem w badaniach, monitoringu, określeniu oraz opracowaniu metod zapobiegania i redukcji długoterminowego wpływu na środowisko lądowe i wodne zanieczyszczeń tzw. rozproszonych (nie punktowych), pochodzących z emisji przemysłowych do atmosfery, ich przenoszenia na dalekie odległości, w tym transgranicznego i depozycji na dużych obszarach; składowania różnego rodzaju odpadów; rolnictwa; środków transportu itp., włącznie z zanieczyszczeniami historycznymi. Prace badawcze Zakładu obejmują m.in.: (a) precyzyjne określenie całkowitej skumulowanej depozycji zanieczyszczeń obszarowych przy użyciu naturalnych archiwów przyrodniczych; (b) wyjaśnienie procesów migracji zanieczyszczeń w glebie, ich poboru przez rośliny, translokacji w tkankach i akumulacji w częściach jadalnych roślin; wpływ zmian klimatu na te procesy; dobór roślin-hiperakumulatorów zanieczyszczeń do ich bezpiecznego nieinwazyjnego usuwania z gleby poprzez fitoremediację; (c) badania roślin uprawnych - excluderów nie przyswajających zanieczyszczeń dla zapewnienia bezpieczeństwa żywnościowego; (d) biogeochemiczne przemiany odpadów w czasie i migracja zanieczyszczeń w wodach porowych odpadów, glebie i gruntach strefy aeracji i saturacji, dla określenia i zapobiegania ich długoterminowego oddziaływania na środowisko glebowo-gruntowo-wodne itp. Zakład jest też zaangażowany w opracowywanie norm na poziomie międzynarodowym (CEN i ISO), oraz współpracuje naukowo z wieloma krajami, aktualnie z Norwegią, Chinami i Litwą.
Ogólna ilość prac naukowo-badawczych i badawczo-wdrożeniowych wykonanych pod kierunkiem pracowników Zakładu, wynosi 121. Zadania badawcze Zakład realizuje w ramach kierowanych i koordynowanych przez pracowników Zakładu interdyscyplinarnych projektów badawczych, zarówno krajowych (wykonywanych w konsorcjach z IGHI-AGH i innymi placówkami badawczymi), jak też międzynarodowych (z partnerami z instytutów badawczych Niemiec, Izraela, Grecji Indii, Norwegii, Chin), w ramach grantów krajowych i zagranicznych (Izrael i Niemcy, Norwegia), umów o współpracę między Akademiami Nauk (Izrael, Norwegia, Indie) i międzynarodowych (Niemcy i Grecja), a również prac wykonywanych na bezpośrednie zamówienie przemysłu i administracji.
